Các nghi thức được tiến hành ngay sau khi một giáo hoàng qua đời vốn đã tồn tại trong nhiều thế kỷ. Nghi thức này luôn do Hồng y Nhiếp chính chủ trì. Ngày 22 tháng 2 năm 1996, qua Tông hiến Universi Dominici Gregis (Đoàn chiên phổ quát của Chúa), Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã cho chỉnh sửa nhiều chi tiết trong nghi thức này theo chiều hướng tinh giản hơn[11].

Ngay khi Gioan Phaolô II trút hơi thở cuối cùng, Hồng y Nhiếp chính khi đó là Eduardo Martínez Somalo đã tháo chiếc nhẫn Ngư phủ ra khỏi ngón tay của giáo hoàng và thực hiện nghi thức hủy bỏ nó bằng cách dùng búa đập nát trước sự chứng kiến của các thành viên trong Hồng y Đoàn[12]. Hành động này nhằm ngăn chặn việc tạo ra các tài liệu giả mạo trong thời điểm trống tòa giáo hoàng. Sau khi hủy chiếc nhẫn, Hồng y Martínez Somalo đã đóng cửa và niêm phong căn phòng riêng của giáo hoàng. Truyền thống này được thêm vào bắt nguồn từ việc trong quá khứ đã có nhiều hồng y đột nhập vào phòng giáo hoàng để lục soát sau khi ông qua đời.

Giấy chứng tử Giáo hoàng Gioan Phaolô II do Tiến sĩ Renato Buzzonetti - Giám đốc Sở Y tế và Môi sinh của thành quốc Vatican ký ngay trong buổi tối hôm đó. Tiếp theo, Hồng y Martínez Somalo ra lệnh Hồng y Joseph Ratzinger - niên trưởng Hồng y Đoàn - triệu tập mọi hồng y trên thế giới về Vatican để họp Mật nghị Hồng y bầu Giáo hoàng mới. Vatican tuyên bố rằng thi hài Giáo hoàng Gioan Phaolô II sẽ không được tẩm ướp và vẫn đang ở trạng thái bình thường mà không cần thêm phương pháp bảo quản. Nhiều người Ba Lan bày tỏ mong muốn đem phần tim của ông về quê hương Ba Lan chôn cất nhưng cũng không được Vatican đáp ứng.

Thánh lễ an táng Giáo hoàng Gioan Phaolô II là sự kiện trực tiếp lớn nhất trong lịch sử truyền hình.[13]

Kính viếng

Thi hài của Giáo hoàng Gioan Phaolô II được mặc áo Cassock màu trắng quen thuộc, dây Các Phép biểu tượng của thừa tác vụ linh mục được quàng quanh cổ ông. Ngoài cùng là áo lễ màu đỏ vì theo truyền thống Byzantine cổ đại, màu đỏ là màu tang lễ dành cho giáo hoàng hoặc các vị tông đồ tử nạn[2]. Xung quanh cổ áo lễ còn có dây pallium màu trắng. Đầu ông đội mũ Zucchetto màu trắng bên trong và mũ Miter bên ngoài. Hai bàn tay được để trên ngực, ôm lấy cỗ Thánh Giá và tràng chuỗi Kinh Mân Côi. Ban đầu, thi hài của ông được quàn tại Căn hộ Giáo hoàng để các giáo sĩ cao cấp kính viếng, sau đó được đặt trong Vương cung thánh đường Thánh Phêrô do đội cận vệ Thụy Sĩ làm nhiệm vụ canh gác cho tín hữu đến viếng.

Thánh lễ cầu cho linh hồn

Thánh lễ đầu tiên trong thời gian tang lễ là Thánh Lễ Cầu cho Linh hồn do Hồng y Eduardo Martínez Somalo chủ tế vào ngày 3 tháng 4 năm 2005. Hôm đó là phụng vụ ngày Chúa Nhật trùng với việc cử hành Lễ Kính Lòng Chúa Thương Xót - một ngày lễ cũng do chính Giáo hoàng Gioan Phaolô II thiết lập[14]. Thánh Lễ Cầu Hồn là nghi thức dành cho những người Công giáo vừa qua đời nhằm nguyện xin Thiên Chúa đón nhận linh hồn người đó vào thiên đàng. Cuối buổi là phần nguyện kinh Lạy Nữ Vương.